Instytut Studiów Międzykulturowych został powołany w 2013 roku na bazie Instytutu Studiów Regionalnych, który funkcjonował na Uniwersytecie Jagiellońskim od 2001 roku. Został utworzony wraz z Wydziałem Studiów Międzynarodowych i Politycznych. Impuls do jego założenia dali pracownicy Uniwersytetu Jagiellońskiego wywodzących się z różnych jednostek organizacyjnych i reprezentujących różne dyscypliny naukowe. Połączyło ich przekonanie o konieczności przekraczania granic jednej dyscypliny – językoznawstwa, socjologii, historii, literaturoznawstwa, filozofii, antropologii – i potrzebie współtworzenia interdyscyplinarnych programów dydaktycznych i badawczych. Podstawą takich interdyscyplinarnych studiów i badań stało się kulturoznawstwo.

W pierwszym, przypadającym na lata 2001-2004, okresie Instytut Studiów Regionalnych był jednostką dydaktyczną i naukową skupiającą siedem w dużym stopniu autonomicznych katedr oraz zakładów, prowadzących odrębne studia regionalne na kierunku kulturoznawstwo. W tym okresie Instytut Studiów Regionalnych współtworzyły następujące jednostki organizacyjne: Katedra Rosjoznawstwa, Katedra Amerykanistyki, Katedra Europeistyki, Katedra Bliskiego i Dalekiego Wschodu, Katedra Ameryki Łacińskiej, Katedra Ukrainoznawstwa oraz Zakład Wielokulturowości.

Pierwszym dyrektorem Instytutu Studiów Regionalnych, został prof. dr hab. Lucjan Suchanek. Drugim z kolei dyrektorem wybrany został prof. dr hab. Tadeusz Paleczny, który tę funkcję sprawował do 2012 roku. Obecnie obowiązki dyrektora pełni dr hab. Monika Banaś.

Duże zmiany w funkcjonowaniu Instytut Studiów Regionalnych nastąpiły 1 października 2004 roku, kiedy rozpoczął się proces usamodzielniania się poszczególnych katedr. Podziały wynikały z rosnącego potencjału jednostek specjalizujących się w studiach nad odmiennymi regionami świata i prowadziły do powstawania i rozwoju nowych instytutów wchodzących w skład Wydziału Studiów Międzynarodowych i Politycznych.

Ostatecznie Instytut Studiów Międzykulturowych po już ponad dziesięciu latach działalności obejmuje jednostki organizacyjne czerpiące z tradycji Zakładu Wielokulturowości, który przekształcony został w Katedrę Kulturoznawstwa Międzynarodowego. W składzie Instytutu Studiów Międzykulturowych pozostają następujące jednostki organizacyjne: Katedra Kulturoznawstwa Międzynarodowego kierowana przez prof. dr hab. Tadeusza Palecznego,  Katedra Antropologii Kultury Współczesnej prowadzona przez prof. dr hab. Ryszarda Kantora, Zakład Historii Kulturowej kierowany przez dra hab. Piotra Bilińskiego, Zakład Polityki Etnokulturowej utworzony przez dra hab. Wawrzyńca Konarskiego prof. UJ oraz Zakład Teorii Kultury kierowany przez dr hab. Monikę Banaś.

W sferze działalności naukowo-badawczej pracownicy Instytutu Studiów Międzykulturowych podejmują problematykę wiążącą się z szeroko pojętymi kontekstami wielokulturowości, mniejszości etnicznych i kontaktu międzykulturowego we współczesnym świecie.